공동육아협동조합의 운영은 어린이집 운영과 협동조합 운영으로 나뉩니다. 협동조합 운영은 구성된 조합이 안정적으로 유지될 수 있도록 하기 위해 이사회가 중심이 되어 조합 재정의 안정화, 조합원 관리, 정부지원체계 확보 등에 주력합니다. 어린이집 운영은 어린이집 일과와 터전 환경 전반에 관해 논의하는 자리이므로 원장(또는 교사대표)이 중심이 된 교사회가 담당합니다. 부모조합원이나 지역조합원은 교사들의 터전 운영에 대한 평가와 제안을 통해 운영에 참여할 수 있습니다.
조합 이사회와 어린이집 교사회가 역할을 분담하면 공동육아를 위한 활동을 좀 더 효율적이고 체계적으로 운영할 수 있습니다. 그리고 조합과 어린이집 운영을 분리하면 교사와 조합원간의 갈등과 마찰을 최소화하여 감정소모를 줄일 수 있고, 교사와 조합원이 스스로 이 관계 속에서 자기 정체성을 알 수 있어서 좋습니다. 또한 공동육아협동조합 운영을 잘하기 위해서 각종 서류를 체계적으로 기록 관리하고, 이를 일상적으로 활용하여야 합니다.